Schau mal hier:
SDH
Wenn Du nur via Web und PHPmyAdmin Daten reinpumpen kannst, dann musst Du die Textdateien teilen. Weil das Webinterface bei zu langer Zeit alles mit einem Timeout beändet.
Falls Du mehrer Tabellen hast und Du davon ausgehen kannst, das andere in diesem Zeitraum Schreibzugriffe absetzen könnten, sollten die Tabellen unbedingt mit LOCK gesperrt werden. (Bei INNODB muss man es anders machen!)
Chris