SSL ist ein Protokoll für die verschlüsselte Übertragung von Internet-Seiten.
Diese erkennt man an einem vorangestellten
https://
E-Mails kannst du damit nicht verschlüsseln; mit PGP schon; wobei das meines Wissens nach nich mit PHP geht.
SSH heißt meines Wissens nach "Secure SHell" und ist ein Protokoll für sichere Verbindungen, um z.B. mit einer Shell oder einem X-Client auf einen Server zuzugreifen.