Die Übergabe einer Variable von JS an PHP geht nur über einen Request (Seitenaufruf). Eine Möglichkeit ist ein verstecktes IFrame. Das PHP-Script, welches dort über JS aufgerufen wird, legt dann die entsprechende Information (Cookies) in einer Session-Variable ab.
Allerdings ist dies für Cookies nicht sinnvoll. Da Cookies für JS seperat deaktiviert werden können und man über die PHP-Sessions ehh schon die Information bekommt, ob Cookies empfangen werden (durch das Session-Cookie).
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Weaverslave