Das kommt darauf an, wie die Datei auf den Server geladen wird. Bei FTP und Co sollte es eine entsprechende Einstellung im Server geben. Bei einem HTTP-Upload (z.B. mittels PHP) mußt du das Upload-Script entsprechend anpassen. Viele Scriptsprachen kennen chmod() und/oder die Möglichkeit Shell-Befehle auszuführen.
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Weaverslave