Im Normalfall läuft PHP auf dem Server, wenn du dort eine MessageBox anzeigen würdest, würde sie mit hoher Wahrscheinlichkeit gar keiner sehen, mit Sicherheit aber nicht der Besucher der Seite.
Wenn PHP auf dem Client läuft könnte man natürlich Dialogboxen ausgeben. Näheres findest du dazu auf
gtk.php.net.
Die anderen beiden Möglichkeiten hat languitar ja schon beschreiben. Du kannst mit HTML/CSS eine Dialogbox nachahmen oder das entsprechende JavaScript ausgeben. Um das Ergebnis an PHP zu senden mußt du jedoch einen neuen Request an den Server machen. Also eine neue Seite aufrufen, ein dynamisch mit PHP erstelltes JS in einem IFrame aufrufen oder XMLHTTPRequests verwenden.
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Weaverslave