Wenn Dateien nicht per FTP hochgeladen, sondern mittels PHP erstellt werden (bei einer Installation oder PHP Upload z.B.) dann gehören die erstellten Dateien oft nicht dem FTP User sondern eben dem User unter dem PHP läuft (bei uns wwwrun oder www-data). Da der FTP User aber aus Sicherheitsgründen natürlich nur Dateien löschen kann, die ihm auch gehören, kann es zu Schwierigkeiten kommen.
Im Accountlogin unter "Tools" gibt es ein Tool "Besitzrechte". Dort kann man alle Dateien eines Ordners wieder an den FTP User übergeben und erhält so wieder Schreibrechte an den eigenen Dateien.
---